济宁医学院附属医院体检中心是2003年成立的鲁西南环境优雅、规模大、技术力量雄厚、服务一流的医检分开的健康体检科室。2021年健康管理中心(体检)太白湖院区正式运行,科室一院两区模式正式运行。2017年科室获评中华医学会健康管理学分会-健康管理示范基地,2018届三级医院健康管理(体检)机构100强,山东大学齐鲁医院健康管理联合体单位,济宁市亚健康管理协会健康体检管理分会主委单位。济宁医学院附属医院体检中心设有内科、外科、眼科、耳鼻喉、口腔科、妇科、心电图室、B超室及检验室、放射科、亚健康功能检查科等专业检查科室,组建了由医院30余名学术带头人、硕士生导师、硕士构成的健康体检服务专家库,可为体检者提供专业化、系统化、个性化健康指导。主检医师为不同需求的体检者量身设计体检套餐,免费建立个人健康档案,跟踪体检结果,为亚健康者提供个性化的诊治调理方案,为健康者提供健康保健指导,体现专业化的体检服务。济宁医学院附属医院体检中心拥有螺旋CT、核磁共振、TCD、心脏及腹部彩超、乳腺彩超、超声和双能X线骨密度检测仪、ECT、PET-CT等先进的体检设备和全自动生化分析仪、荧光免疫测定仪等大型化验设备;科室配有独立的CT、彩超、心电图、肺功能、数字X线机、呼气试验测试仪、血压脉波检查装置、超声和双能X线骨密度检测仪、TCD、电子胃镜、电子结肠镜、直乙镜、法国鹰眼检测全身扫描系统等大型设备。