中国医学科学院阜外医院深圳医院（以下简称阜外医院深圳医院）是经国家卫生健康委员会批准、由国家心血管病中心 中国医学科学院阜外医院和深圳市政府联合创办的一所心血管专科医院，是深圳市政府医疗卫生三名工程重点项目。
根据《深圳市人民政府 国家心血管病中心中国医学科学院阜外医院战略合作框架协议》，中国医学科学院阜外医院全面托管深圳市孙逸仙心血管医院。
阜外医院深圳医院第一名称为中国医学科学院阜外医院深圳医院，第二名称为深圳市孙逸仙心血管医院，加挂国家心血管疾病临床医学研究中心深圳牌子。
阜外医院深圳医院实行;一院两区一体化管理，罗湖院区位于罗湖区东门北路1021 号，主要作为国家心血管疾病临床医学研究中心深圳的临床药物试验基地。南山院区位于南山区朗山路12 号，主要作为心血管疾病诊疗和科研、教学基地。
阜外医院深圳医院是深圳市政府投资建设的市属非营利性公立医院，在深圳市登记为事业法人。
