上海交通大学医学院附属第九人民医院的前身“伯特利医院”创建于1920年。1952年更名为上海第九人民医院，1964年正式成为原上海第二医学院附属医院，2005年上海第二医科大学与上海交通大学合并，更名为上海交通大学医学院附属第九人民医院。2014年11月，经上海市人民政府同意，上海交通大学医学院附属第九人民医院与上海交通大学医学院附属第三人民医院(前身宝钢医院，三级综合性医院)资源整合，统一布局，统一管理。2015年10月，上海市机构编制委员会批复市教委同意上海交通大学医学院附属第三人民医院整建制并入上海交通大学医学院附属第九人民医院。(以下简称“九院”)
上海交通大学医学院附属第九人民医院是经上海市卫生局核准登记的政府主办的非营利性三级甲等综合性医院。上海交通大学医学院附属第九人民医院有南部院区(制造局路639号)、北部院区(漠河路280号)、浦东院区(高科西路1908号)、浦东科教园区(锦尊路115号)和祝桥院区(云亭路99号，在建)。上海交通大学医学院附属第九人民医院承担本市区域基本医疗服务，主要从事急危重症和疑难疾病的救治，是上海市120的定点医院，上海市口腔干部保健医疗定点医院。
上海交通大学医学院附属第九人民医院总占地面积127.9亩，总建筑面积27.7万平方米。总核定床位数2150张，口腔综合椅位1000张。上海交通大学医学院附属第九人民医院临床科室63个，其中医技科室11个。上海交通大学医学院附属第九人民医院全院职工5160人。九院拥有5位中国工程院院士:**整复外科专家张涤生教授、口腔颌面外料专家邱蔚六教授、骨科专家戴尅戎教授、口腔颌面头颈肿瘤专家张志愿教授、眼眶病眼肿瘤专家范先群教授，医院现已成为一所学科特色鲜明、具备一定临床科技创新核心竞争力、国内知名的三级甲等综合性医院。
上海交通大学医学院附属第九人民医院学科建设水平不断发展。是国家口腔医学中心和国家口腔疾病临床医学研究中心依托建设单位，医院有口腔临床医学、整复外科、骨科等3个国家重点学科，口腔基础医学为国家重点培育学科。骨科、口腔颌面外料、牙体牙髓科、牙周病科、口腔修复科、眼科、整复外科、口腔正畸科、口腔黏膜病科、介入料、耳鼻咽喉头颈外科等15个国家临床重点专科;上海市临床重点专科8个;上海市教委IV类“高峰学科”1项;上海市教委“高峰高原学科”建设项目1项。拥有口腔医学、整复外料与组织工程学等3个教育部211工程重点学科;口腔病、整复外科、关节外科等3个上海市临床医学中心;上海市口腔疾病临床医学研究中心、上海市整形与修复重建临床民学研究中心等2个上海市临床医学研究中心;上海市口腔疾病研究中心、上海市眼部疾病研究中心、上海市听觉与耳神经颅底外料研究中心、上海市整形外科研究中心、上海市骨科数字医学研究中心等5个上海市重中之重研究中心。口腔黏膜病科列为国家中医药管理局重点专科、国家中西医协同旗舰科室;血管外料为****批外周血管介入诊疗培训基地;组织工程学、口腔颌面外科学为上海市重点学科(优垫学科)、口腔修复和生物材料学为上海市重点学科(特色学科)，口腔基础医学、眼科学为上海市重点学科;修复重建外科为上海市“重中之重”临床医学中心;康复医学、急诊与危重病学为上海卫生计生系统重要薄弱学科;中医口腔黏膜病学为上海市中医药新兴交叉学科。眼科、耳鼻喉科学为上海市“重中之重”临床重点学科;内分泌料、麻醉料、泌尿外料为上海交通大学医学院重点学科;医院挂牌中国房颤中心，是上海交通大学血管病诊治中心、疝与腹壁外科疾病诊治中心单位，神经内科是上海市脑卒中预防与救治中心之一。
截至2024年底，上海交通大学医学院附属第九人民医院共有博士生导师165名，硕士生导师210名，设有6个博士后流动站，26个博士点、35个硕士点。医院有国家口腔疾病临床医学研究中心、视觉健康全国重点实验室(主任单位)、组织工程(上海)国家工程研究中心、教育部数字医学工程研究中心、教育部视觉系统疾病医药基础研究创新中心。拥有上海市组织工程研究重点实验室、上海市口腔医学重点实验室、上海市骨科内植物重点实验室、上海市耳鼻疾病转化医学重点实验室、上海市眼眶病眼肿瘤重点实验室和上海市消化道微生态及重大疾病研究重点实验室。
上海交通大学医学院附属第九人民医院拥有中国工程院院士5人，***各类人才70余人次，上海科技精英6人，东方英才领军项目22人，以及上海市**学科、学术、技术带头人、启明星计划、曙光计划、医学领军人才等市级以上人才培养计划近400人次。
上海交通大学医学院附属第九人民医院现为上海市住院医师规范化培训基地和专科医师培训基地，是上海交通大学口腔医学院、上海交通大学九院临床医学院，拥有32个教研室。25个国家住院医师规范化专业基地、2个国家专科医师规范化培训专科基地，27个上海市专科医师规范化培训专科基地。
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